生物法脱色是利用微生物酶来氧化或还原染料分子，破坏其不饱和键及发色基团。脱色微生物对染料具专一性，其降解过程分两阶段完成，先是染料分子的吸附和富集，接着再生物降解。染料分子通过一系列氧化、还原、水解、化合等生命活动，降解成简单无机物或转化为各种营养物及原生质。染料分子细微的结构变化都会大大影响脱色率，如某些藻类对含一oH、一NH2的染料脱色率很高，但几乎无法降解含一cH3、一ocH3、一No2的染料分子;染料浓度对脱色率也有一定影响，高浓度染料会抑制微生物活性.影响脱色率或脱色效果。微生物通过体内质粒米调控不同结构的染料脱色，提高脱色微生物应用价值的有效途径是筛选或构建具有多功能的超级菌种和提高染料的生物降解性，并大力开发具有广谱絮凝活性的生物絮凝剂。
好氧工艺是常见的处理工艺，但由于染料分子的抗生物降解性强，处理过程B()D5/COD比值下降(可生化性变差)，致使普通的好氧工艺对废水色度、C()D去除率不高(60%～70%)。通过向曝气池中投加Fe(oH)3、延长难降解物质在系统内的停留时间等措施，能大幅提高曝气池的活性污泥浓度.降低污泥负荷及单位数量菌团承担的有机物降解量，从而提高了系统的脱色率和cOD去除率。将固定化细胞技术应用于好氧工艺也可取得良好效果。
厌氧一好氧处理工艺能在一定程度上弥补好氧工艺的不足。难降解染料分子及其助剂在厌氧菌的作用下水解、酸化而分解成小分子有机物，接着被好氧菌分解成无机小分子。有作者采用厌氧.好氧处理印染废水，在进水cOD1085mg/L，BO风315r119/L的情况下，去除率分别达到83.9%和76.2%，再经后续工艺，可使印染废水处理达标。总之，生物法处理印染废水的脱色率和CoD去除率不高，并且反应时间长，一般不适宜单独应用，可作为预处理或深度处理步骤。当前生物法脱色的关键是筛选高效降解菌及用构建具有降解能力和絮凝活性的菌株，使降解、絮凝和脱色在短时间内完成，以提高处理效率，降低成本，并积极探索对染料分子或印染废水的前处理方式，如电解、小剂量氧化等，以提高印染废水的可生化降解性。
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